Wednesday, 2 November 2011

Pozdrowienia z Londynu

Promienie zachodzącego słońca
padają na oparcia siedzeń
"We will shortly be arriving at South Greenford."
i rezświetlają kolory jesiennych drzew

Samolot - jak zabawka
"Our next stop is West Ealing."
zawieszony w powietrzu

A w około ludzie
Tłumy ludzi
"The next stop is Ravenscourt Park. Please, mind the gap between the train and the platform."
stoją
        siedzą
                 czytają
jadą
        jadą
                wciąż gdzieś jadą
wracają
             do domu
czy
      wynajętego pokoiku
"This is Hammersmith. Please, mind the gap between the train an the platform. Change here for the District Line."
by jutro znów jechać

Ludzie?

Cześciej mówią do nas Maszyny

1.11.2011

Saturday, 23 July 2011

Phase variation

Second semester gone. Results are out. Hmm... even holydays finished... Time is flying but simultanously waiting is so long... Last week I took the exam about teaching piano and now have to wait 8 weeks for results. Seems so long...
I am really happy I got the Intership from my University to work in the research project. I also got the project I wanted (and now I also know that at lest two other people wanted it as well - feeling a bit like a winner ;) ). Now 4 weeks gone and 4 weeks left... and I find it very facinating and really difficult. But probably I just have to work harder...
The project is about finding phase variable genes in the bacteria Neisseria gonorrhoea. Proess of phase variation is very interesting. It is switching ON and OFF or altering expression of genes by spontanous, reversible mutation. Bacteria use it to generate many different phenotypes among the population while majority of population express the same phenotype. Phase variable genes usually code for structures which make bacteria virulent and help them escape immune system reaction eg. pili, fimbriae, lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis, capsules.
The woth is also interesting so far: extraction of DNA, cutting it by sonication, electrophoresis and bioanalysis to find out about fragment lenghts, and sequencing probably next week. But the difficulty lies in analysing the data... Fortunatelly I have a supervisor :)

Monday, 24 January 2011

The "Warrior" gene / Gen "Wojownika"

A prisoner in an American prison who was caught for rape started thinking about his family. Prisoner's brother killed his boss in cruel way, their uncles were also imprisoned for serious crimes. He decided to send his family tree to the geneticist. The pattern of "inheritance" was familiar - X-linked recessive.

"Assistant District Attorney Drew Robinson says that on Oct. 16, 2006, Bradley Waldroup was waiting for his estranged wife to arrive with their four kids for the weekend. He had been drinking, and when his wife said she was leaving with her friend, Leslie Bradshaw, they began to fight. Soon, Waldroup had shot Bradshaw eight times and sliced her head open with a sharp object. When Waldroup was finished with her, he chased after his wife, Penny, with a machete, chopping off her finger and cutting her over and over." (1)

"Bradley Waldroup, who attacked butchered his estranged wife’s friend while attempting to kill his wife – he told his children to come say bye to mama. Lovely man to offer his children the opportunity" (2)
So-called the "Warrior gene" is a mutation in monoamine oxidase A (MAOA) gene, which locus is on short arm of chromosome X (Xp21-p11). Change causing reduction in MAOA level together with traumatic childhood experience (environment) significantly increases the risk of being a psychopath (lack empathy + amoral behaviour) in adulthood. 
Monoamine oxidase is an enzyme which catalyses deamination (break down) of adrenaline, noradrenaline, serotonin and dopamine. Those are neurotransmitters and some of them also hormones. Noradrenaline (as a stress hormone) effects the part of the brain, where decisions are made, increases heart rate, glucose realise from energy sources and blood flow to skeletal muscles. This explains why lower than normal level of MAOA (hence higher concentration of noradrenaline) increases risk of abnormal behaviour - and the bahaviour of two men described at the beginning.
"His (Waldroup's) genetic makeup, combined with his history of child abuse, together created a vulnerability that he would be a violent adult.(...) We didn't say these things made him become violent, but they certainly constituted a risk factor or a vulnerability" (1)
"The judge in the case sentenced Waldroup to 32 years in prison. At the hearing, Judge Carroll Ross told Waldroup he should think twice about appealing. The state might not mind trying this again and asking for the death penalty, the judge said. You might not be as fortunate with a jury the next time."(1)

Did the judge make a good decision?
(1) - source: http://www.npr.org/templates/story/story.php?storyId=128043329
(2) - source: http://politicaljunkiemom.wordpress.com/2010/07/01/why-are-any-of-us-responsible-for-our-actions/


Pewien więzień , odbywający karę za gwałt w Amerykańskim więzieniu, zaczął analizować swoją historię rodzinną. Jego brat zabił swojego szefa w brutalny sposób, ich wujkowie także byli w więzieniach za poważne przestępstwa. Więzień zdecydował przesłać swoje drzewo genealogiczne do analizy przez genetyka. Ten skojarzył wzór dziedziczenia z charakterystycznym dla cechy recesywnej na chromosomie X.


" Robinson mówi, że 16 października 2006 Bradley Waldroup, pijąc, czekał na przyjazd swojej żony, z którą żył w separacji, i czwórki dzieci. Kiedy ona powiedziała, że mieszka ze swoją przyjaciółką, Leslie Brodshaw, małżonkowie zaczęli się kłócić. Wkrótce, Waldroup postrzelił Brodshaw osiem razy i przeciął jej głowę ostrym narzędziem. Kiedy skończył z Leslie, ruszył z maczetą w pogoń za swoją żoną Penny." (1)*


"Bradley Waldroup, który zabił przyjaciółkę żony, zanim podjął się zabicia swojej żony, z którą żył w separacji, powiedział dzieciom, by pożegnały się z mamą. Jaki dobry mężczyzna, że dał swoim dzieciom taką możliwość." (2)*


Tak zwany gen "Wojawnika" jest mutacją w genie kodującym oksydazę monoaminową A (MAOA), który znajduje się na krótkim ramieniu chromosomu X (Xp21-p11). Zmiana w genie powodująca zmniejszenie poziomu MAOA połaczona z traumatycznymi przeżyciami w dzieciństwie znacząco zwiększa ryzyko bycia psychopatą (brak empatii z niemoralnym zachowaniem) w dorosłym życiu.


Oksydaza monoaminowa jest enzymem, który katalizuje deaminację (rozpad) adrenaliny, noradrenaliny, dopaminy i serotoniny. Te substancje są neuroprzekaźnikami, a niektóre również hormonami. Noradrenalina (jako hormon stresu) wpływa na ośrodki w mózgu odpowiedzialne za podejmowanie decyzji, podwyższa puls, uwalnia glukozę i zwiększa ukrwienie mięśni szkieletowych. To by wyjaśniało dlaczego poziom MAOA poniżej normy (czyli stężenie noradrenaliny wyższe niż normalne) zwiększa ryzyko takiego zachowania.


"Jego (Bradlay'a Waldroup'a) geny połączone z wykorzystywaniem w dzieciństwie tworzą potencjał używania przemocy w życiu dorosłym. (...) Te fakty nie czynią go agresywnym, ale są znacznym czynnikiem ryzyka." (1)*

"Waldroup został skazany na 32 lata więzienia. W czasie oznajmowania wyroku sędzia powiedział, żeby Waldroup sie dobrze zastanowił zanim złoży apelację. Może się to dla niego skończyć karą śmierci, gdyż następnym razem przed sądem może on nie mieć tyle szczęścia" (1)*
 
 Czy sąd podjął właściwą decyzję?


*Moje tłumaczenie fragmentów z anglojęzycznych stron internetowych - (1) i (2).

PS. Thanks to interesting example during genetics lecture.
Dzięki ciekawemu przykładowi w czasie wykładu z genetyki. 

Friday, 21 January 2011

New blog/Nowy blog

Due to problem with password I decided to create a new blog. And aslo there is New Year, maybe not so new now, but still... Moreover, I am in different period in my life... Anyway, my old blog still exist: www.atrament.blogspot.com 
This blog will be in Polish and in English, probably more English now, compared with the old one. However, when reading take into account that English is a foreign language for me.

The name is inspired by the quote from Werner Heisenberg "The first gulp from the glass of natural sciences will turn you into an atheist, but at the bottom of the glass God is waiting for you.", which I found thanks to my friend. And these will be also the topics: natural (biomedical) sciences - the subject which I am studying and really facinates me and looking for God. I feel I am somewhere at the beginning of this adventure...


Z powodu problemów z hasłem postanowiłam założyć nowy blog. I mamy Nowy Rok, może już tak nie zupełnie nowy, ale wciąż styczeń jest. Oprócz tego jestem w innym okresie życia... Jednak stary blog cały czas egzystuje: www.atrament.blogspot.com
Ten blog będzie po polsku i po angielsku, choć może teraz więcej angielskiego w porównaniu z poprzednim. Niemniej jednak, proszę o wzięcie pod uwagę, iż angielski jest dla mnie językiem obcym, a z powodu częstego go używania doświadczam zapominania polskich wyrazów.

Tytuł zainspirowany jest cytatem z Werner Heisenberg'a: "Pierwszy łyk ze szklanki nauk przyrodniczych zmieni ciebie w ateistę, zaś na dnie szklanki czeka na ciebie Bóg.", który poznałam dzięki mojej przyjaciółce. To będą także tematy tego bloga: nauki przyrodnicze (biomedyczne) - które obecnie studiuję i jestem nimi zafascynowana oraz poszukiwanie Boga. Wydaje mi się, że jestem gdzieś na początku tej przygody.

PS. http://en.wikipedia.org/wiki/Werner_Heisenberg
      W polskiej wersji brakuje informacji o życiu prywatnym: Heisenberg lubił muzykę klasyczną i był akompaniującym pianistą. Był wyznawcą luteranizmu. Zmarł na raka nerek i pęcherzyka żółciowego we własnym domu, 1.02.1976. Następnego wieczoru jego koledzy i przyjaciele przeszli w marszu pamięci z Instytutu Fizyki do jego domu i każdy zostawił świeczkę przy drzwiach wejściowych. (moje tłumaczenie z angielskiej wikipedii)